MFF har en mindre sum af egne midler til finansiering af forskningen. Projekterne finansieres derimod hovedsaligt via fondsmidler fra enten Mælkeafgiftsfonden eller Mejerirationaliseringsfonden med indtil 50 procent af det tilskudsberettigede beløb.

Der stilles normalt krav om mindst 50 procent ekstern medfinansiering, som kan komme fra nationale eller internationale offentlige forskningsmidler og i stigende grad også fra de deltagende universiteter og virksomheder. Midler hentes hovedsageligt fra forskningsrådssystemet, EU og andre internationale kilder. 

Selve ansøgningsprocessen sker i samarbejde mellem MFF og forskerne.